Centralne Projekty Badawcze
- Uchodźstwo, emigracja niepodległościowa 1939–1990 – dr hab. Krzysztof Kaczmarski, dr Krzysztof Tochman, dr Łukasz Chrobak
- II Wojna Światowa i okupacje ziem polskich 1939–1944/45 – dr Tomasz Bereza, dr Piotr Chmielowiec, dr Łukasz Chrobak
- ,,Solidarność” i opór społeczny 1956–1989 – Artur Brożyniak
- Struktury i metody działania aparatu bezpieczeństwa w Polsce 1944–1989/90 – dr Piotr Chmielowiec, dr Paweł Fornal
- Dzieje Żydów w Polsce i stosunki polsko-żydowskie w latach 1917–1990 – dr hab. Elżbieta Rączy, dr Wojciech Hanus
- Podziemie niepodległościowe 1944–1956 i ofiary represji zamordowane za działalność na rzecz niepodległego państwa polskiego – dr Paweł Fornal, dr Mirosław Surdej
- Władze komunistyczne wobec Kościołów i związków wyznaniowych w Polsce 1944-1989 – dr hab. Mariusz Krzysztofiński, dr Bogusław Wójcik
Oddziałowe Projekty Badawcze
- Represje wobec Kościołów Katolickich Metropolii Lwowskich w latach 1939-1950 – Małgorzata Gliwa, dr Mariusz Krzysztofiński
- Osobowy wykaz ofiar konfliktu ukraińsko-polskiego 1939-1948 – Tomasz Bereza